En Santiago Matatlán, así como en gran parte del estado de Oaxaca la lengua que predomina es el zapoteco. Este idioma es una macrolengua integrada por diferentes lenguas zapotecas (62 variantes lingüísticas​) habladas en el año 2000 por unas 777.253 personas en El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.Oaxaca y otros lugares. Forma parte, con el El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.idioma chatino, de un grupo lingüístico que pertenece al El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.tronco otomangue de lenguas mesoamericanas, junto con la El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.lengua mixteca, El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.mazateca y El enlace externo abre una nueva pestaña o ventana.popoloca, entre otras.

Es una lengua tonal, es decir, el tono es fundamental para distinguir el significado léxico o gramatical.